- Guide du généalogiste et du biographe dans le Jura, CDDP du Jura, Dole, 1980 (avec Christian Rochet) (ISBN 2-86039-000-6).
- Catalogue des journaux et périodiques conservés dans le département du Jura, Archives départementales du Jura, Montmorot, 1981.
- Saints et damnés : la Bourgogne du Moyen-Âge dans les récits d'Étienne de Bourbon, inquisiteur (1190-1261), Les Éditions du Bien Public, 1989 (ISBN 2-905441-24-0).
- Saint-Bernard en Bourgogne : lieux et mémoires, les Éditions du Bien public, Dijon, 1990 (avec Patrick Arabeyre et Philippe Poirrier) (ISBN 2-905441-26-7).
- Les Exempla médiévaux, GARAE-Hésiode, Carcassonne, 1992, (Directeur avec Marie-Anne Polo de Beaulieu) (ISBN 2-906156-19-1).
- Vies et légendes de Saint Bernard : création, diffusion, réception. Actes des rencontres de Dijon. 6 et , Cîteaux, Cîteaux, commentarii cistercienses, 1993, (avec Philippe Poirrier et Patrick Arabeyre).
- Identifier sources et citations, Brepols, coll. « L'Atelier du médiéviste », Paris, 1994, (Directeur, ouvrage collectif) (ISBN 2-503-50311-X).
- Moines et religieux au Moyen Âge, Seuil, coll. « Points histoire », Paris, 1994, (Directeur, ouvrage collectif) (ISBN 2-02-022685-5).
- "Tuez-les tous, Dieu reconnaîtra les siens", la croisade contre les Albigeois vue par Césaire de Heisterbach, Loubatières, Toulouse, 1994 (ISBN 2-86266-215-1).
- Le Commentaire de documents en histoire médiévale, Seuil, Paris, 1996 (ISBN 2-02-023126-3).
- Catastrophes naturelles et calamités au Moyen Âge, Ed. del Galluzzo, Florence, 1998. (ISBN 88-87027-19-6).
- Les Exempla médiévaux. Nouvelles perspectives, H. Champion, Paris, 1998, (Directeur avec Marie-Anne Polo de Beaulieu) (ISBN 2-85203-943-5).
- Le Pays cathare. Les religions médiévales et leurs expressions méridionales, Seuil, coll. « Points histoire », 2000 (ISBN 2-02-040435-4).
- Stephani de Borbone Tractatus de diuersis materiis predicabilibus. Prologus. Pars prima, « de dono timoris », Brepols, Turnhout, 2002, (avec Jean-Luc Eichenlaub) (ISBN 2-503-04241-4).
- Stephani de Borbone Tractatus de diversis materiis predicabilibus. Tertia pars, « de dono scientie », Brepols, Turnhout, 2006 (ISBN 2-503-04245-7).
- Le Tonnerre des exemples. Exempla et médiation culturelle dans l'Occident médiéval, Presses universitaires de Rennes, Rennes, 2010, (Directeur avec Marie-Anne Polo de Beaulieu et Pascal Collomb) (ISBN 978-27535-1220-7).
- Collectio exemplorum Cisterciensis in codice Parisiensi 15912 asseruata, Brepols, Turnhout, 2012, (Directeur avec Marie-Anne Polo de Beaulieu) (ISBN 978-2-503-54004-7).
- Se donner à la France ? Les rattachements pacifiques de territoires à la France (xive – xixe siècle) (direction de l'ouvrage avec Olivier Poncet), Paris, Publications de l'École nationale des chartes, coll. « Études et rencontres » (no 39), , 148 p. (ISBN 978-2-35723-031-6, lire en ligne [archive]).
Dans le monde il y a deux Églises :
l’une fuit et pardonne, l’autre possède et écorche. (Pèire Autié)
